cli_runners/compiler.rb を参考にしました。Opal のバージョンは v1.5.0 です。

require "opal"

builder = Opal::Builder.new
builder.build("./sample.rb")
compiled_source = builder.to_s
compiled_source += "\n" + builder.source_map.to_data_uri_comment

File.write("sample.js", compiled_source)

ちなみに、 opal コマンドを使って opal -c sample.rb のようにコンパイルした場合はデフォルトで source map を生成してくれます（ --no-source-map オプションで無効化できる）。

参考

• DxOpalのゲームをコンパクトにして公開する方法 - Qiita